自然选择是分子进化的重要驱动力，正确测量基因组上自然选择的数量与强度是分子进化研究的重要内容，对于查找基因组上具有关键功能的适应性进化基因具有重要意义。在过去的二十年里，大量的文献通过相关统计检验方法检测出各类物种基因组上的适应性进化信号。其中主要包括了McDonald-Kreitman（MK）检验和PAML（随机位点模型和分枝位点模型）似然比检验这两个经典方法。然而，这些研究缺乏对于结果的可靠性分析。


　　中山大学生命科学学院适应性进化研究团队总结了近年来报道的分子适应性进化证据的研究论文，发现不同检验方法检测出的正选择信号重合度低。课题组将MK检验和PAML检验同时应用于多个模式物种的基因组数据，发现两种检验方法都能检测到超过100个具有正选择信号的基因，但这两组正选择基因的重叠量仅仅为随机重叠。该研究进一步通过合并基因方法排除了低检测效力这一可能因素，指出检测方法的高假阳性是两组结果不一致的可能原因。由于分子进化同时受到正选择和负选择作用的支配，检测正选择时常常假设负选择是恒定的。然而在对拟南芥、果蝇、灵长类、鸟类等大量基因组数据分析后发现，在物种进化过程中，负选择很少会长期保持不变，其强度在同类群的物种之间差异很大，因此会严重干扰正选择信号的检测。这项研究揭示了经典正选择检验方法出现假阳性的主要成因，给出了两种经典检测方法结果不一致的合理解释。该研究提出在检测正选择之前，对负选择强度的变化进行检测评估十分必要，过去大量文献所检测的物种间适应性进化结果需要重新评估。

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